Prawdopodobnie pierwotnie istniał tu gród obronny należący do Grodów Czerwieńskich, który w 1366 roku wraz z całą Rusią Czerwoną został przyłączony do Polski. Pierwsza wzmianka o istniejącej tu osadzie wśród lasów i istniejącym dworze myśliwskim pochodzi z 1254 roku.
Hrubieszów aż do 1802 roku nosił nazwę Rubieszów. Prawa miejskie oparte na prawie magdeburskim Hrubieszów otrzymał z rąk króla Władysława Jagiełły w 1400 roku, które zostały potwierdzone w 1450 roku przez Kazimierza Jagiellończyka.
Kolejne lata sprzyjają rozwojowi miasta, które otrzymuje przywileje przyczyniające się do jego rozkwitu. Powstają cerkwie, klasztor i kościół dominikanów. Prawdopodobnie w tym czasie istniał tu zamek, w którym w latach 1411, 1413 i 1430 gościł król Władysław Jagiełło.
Niestety najazdy Tatarskie 1498-1626 powodowały znaczne opóźnienia rozwoju oraz wielkie zniszczenia.
W roku 1550 król Zygmunt August nadał miastu herb przedstawiający jelenią głowę, między rogami której umieszczone są dwa krzyże oraz nakazał wznieść wały i umocnienia obronne. Wjazdu do miasta strzegły dwie bramy Bełska i Chełmska.
Zamek został całkowicie zniszczony w 1648 roku przez wojska Chmielnickiego.
W 1630 roku król Zygmunt III zatwierdza fundację cerkwi grekokatolickiej pod wezwaniem Wniebowzięcia NMP, która zostaje wymurowana i wyposażona z fundacji mieszczanina hrubieszowskiego Sofroniego Koculi.
W 1672 roku miał miejsce ostatni najazd Tatarów na Hrubieszów, którzy zostali rozgromieni przez wojska Jana III Sobieskiego.
W 1772 roku w wyniku I rozbioru Rzeczypospolitej Hrubieszów znalazł się w zaborze austriackim.
W 1800 roku wsie dawnego Starostwa zakupił ks. Stanisław Staszic i założył tu „Towarzystwo Rolnicze Hrubieszowskie”, organizację spółdzielczą z ideą wzajemnej pomocy, dbającą o wychowanie młodzieży, która działała do 1945 roku.
W połowie XIX wieku Hrubieszów był drugim co do wielkości, po Lublinie, miastem guberni lubelskiej. Miasto bardzo szybko się rozwijało i w 1909 roku liczyło już 15 tys. mieszkańców.
Hrubieszów od samego początku istnienia był miastem wielokulturowym, obok Polaków i Rusinów osiedlali się tutaj Żydzi począwszy od XV wieku.
Okres II wojny światowej to tragiczny rozdział w historii Hrubieszowa. 14 września 1939 roku do Hrubieszowa wkroczyły wojska niemieckie jednak już 17 września władzę w mieście przejęły oddziały sowieckie. Kolejna zmiana okupanta nastąpiła w październiku gdy powrócili Niemcy, wprowadzając wraz z nacjonalistami ukraińskimi terror i dokonując licznych egzekucji.
W Hrubieszowie działał ruchu oporu któremu początek dali oficerowie i podoficerowie 2 pułku Strzelców Konnych. Z niego wywodził się walczący do poł. 1940 roku mjr Henryk Dobrzański „Hubal”. Działały tu: Tajna Armia Polska, Służba Zwycięstwu Polski, Związek Walki Zbrojnej, a w lutym 1942 roku powstały oddziały Armii Krajowej. Za zasługi w walce z okupantem Hrubieszów został odznaczony w 1977 roku Krzyżem Grunwaldu II klasy.
